Vaalien äänestysaktiivisuus (57,6 %) oli hieman alhaisempi kuin samanaikaisten kunnallisvaalien ja yli 10 prosenttiyksikköä alhaisempi kuin puolitoista vuotta aiemmin pidettyjen eduskuntavaalien. Korkeinta osanotto oli Vaasan vaalipiirissä (62,0 %) ja matalinta Ahvenanmaalla (35,2 %)[3]. Vaaleissa oli yhteensä 207 ehdokasta. Listoja asetti 14 rekisteröityä puoluetta sekä Vaihtoehto EU:lle -yhteislista. Puolueista 11 esitti täyden 16 ehdokkaan listan. Yhteislistan asettaminen vaati 4 x 1 000 kannatuskorttia kaikkien listan ehdokkaiden valitsijayhdistyksiltä, joita oli perustettava jokaiselle neljälle vaalialueelle. VEU:lla oli 10 ehdokasta.[1]
Vaaleissa saivat äänestää kaikki viimeistään vaalipäivänä 18 vuotta täyttäneet Suomen kansalaiset sekä ne EU-kansalaiset, joiden kotikunta oli Suomessa 51 päivää ennen vaaleja. Äänioikeus oli laajempi kuin koskaan aiemmin valtakunnallisissa vaaleissa. Vielä eduskuntavaaleissa 1995 äänestäjän tuli olla täyttänyt 18 ennen vaalivuoden alkua. Äänestämiseen oikeutettuja muiden jäsenvaltioiden kansalaisia asui Suomessa tuolloin noin 12 000. Ulkomaalaisilta osallistuminen edellytti ilmoittautumista äänioikeusrekisteriin. Samalla äänestäjän tuli vakuuttaa, ettei hän ollut jo äänestänyt toisen EU-valtion vaaleissa.[1] Vaaleissa äänesti hieman alle tuhat muiden EU-maiden kansalaista.[4]
Vaaliliitoilla ja yhteislistoilla oli mahdollisuus asettaa ehdokkaansa joko valtakunnallisesti tai vaalialueittain, mutta yksikään lista ei käyttänyt jälkimmäistä mahdollisuutta. Vaalialuejärjestelmässä maa oli jaettu neljään (pääilmansuuntien mukaan nimettyyn) eduskuntavaalipiireistä muodostettuun alueeseen. Alueet valinneen puolueen ehdokasta olisivat voineet äänestää vain kyseisellä alueella asuvat. Valtakunnallisesti käytössä oli D'Hondtin menetelmä, mutta alueilla kannatusta olisi laskettu Hare-Niemeyerin mukaisesti. Yhteen meppiin oikeutetun listan paikan olisi vienyt se henkilö, joka olisi saanut eniten ääniä alueella, jolla listan kannatus olisi ollut suurinta. Sekavasta aluejärjestelmästä luovuttiin ennen seuraavia vaaleja.[5][6][1]