Portugalilaiset löytöretkeilijät löysivät Annobónin uudenvuodenpäivänä vuosien 1472–1475 välisenä aikana ollessaan etsimässä satamapaikkoja orjakauppaa varten. Portugalilaisten lisäksi myös hollantilaiset, espanjalaiset ja britit hallitsivat saarta seuraavien vuosisatojen kuluessa, joiden aikana orja- ja kauppalaivat pysähtyivät saarella hankkien täydennystä, kuten Annobónille tuotujen orjien viljelemiä maataloustuotteita. Saaresta tuli osa Espanjaa vuonna 1778 ja osa Päiväntasaajan Guineaa maan itsenäistyessä Espanjasta vuonna 1968.