Bjarne Kallis toimi kristillisdemokraattien puheenjohtajana 1995-2003. Kallista on kuvattu visionäärinä, joka uudisti puoluetta kristillisdemokraattiseksi poliittiseksi liikkeeksi.
Kallis valittiin Suomen Kristillisen Liiton puheenjohtaksi vuonna 1995. Hänen kaudellaan puolue muun muassa vaihtoi nimensä Suomen Kristillisdemokraateiksi, muuttui enemmän yleispuolueeksi ja teki eroa uskonnon ja politiikan välille.[3]
Eduskuntavaaleissa 2003 kristillisdemokraatit irtautuivat Kalliksen johdolla keskipuolueiden ryhmästä ja solmivat muutamassa piirissä vaaliliiton kokoomuksen kanssa, vaikka puolueen Lapin piiri oli jo hakeutumassa vaaliliittoon keskustan kanssa Lapissa. Muissa piireissä keskusta ei enää suostunut vaaliliittoihin, joten tekninen yhteistyö kokoomuksen kanssa oli tarpeen.[7] Puolue nosti kannatustaan eduskuntavaaleissa 2003 yli viiteen prosenttiin, mutta kansanedustajien määrä väheni seitsemään. Vaaliliitto kokoomuksen kanssa auttoi varmistamaan ulkomaankauppaministeri Jari Vilénin eduskuntapaikan Lapin vaalipiiristä. Vastavuoroisesti kokoomusvaaliliiton avulla KD varmisti Sari Essayahin pääsyn eduskuntaan Varsinais-Suomen vaalipiiristä.
Kalliksen puheenjohtajakauden aikana eurokansanedustaja Eija-Riitta Korhola (EPP) vaihtoi puoluejäsenyytensä kristillisdemokraateista kokoomukseen, jolloin puolue menetti ainoan edustajansa europarlamentissa.
Kallis valittiin kristillisdemokraattien presidenttiehdokkaaksi vuoden 2006 presidentinvaaliin. 1. lokakuuta 2005 Kalliksen ehdokkuuden tueksi koottua kansalaisvaltuuskuntaa ilmoittautui johtamaan keskustan europarlamentaarikkoHannu Takkula, joka on Kalliksen perhetuttu. Kalliksen joukkoihin ilmoittautui myös kauneusalan ammattilainen Tiina Jylhä. Kalliksen vaalimotto oli Äänesi on Kallis – Bjarne Kallis.[3]
Kallis pyrki Henrik Laxin ja osittain Sauli Niinistön tapaan haastamaan presidentinvaaleissa Suomen ulkopoliittisen johdon, presidentin ja pääministerin kannattamalla Euroopan unionin voimakkaampaa puolustusulottuvuutta.lähde?
Vaalin ensimmäisellä kierroksella Kallis sai 61 483 ääntä (2,0 %:n ääniosuus) eikä selvinnyt toiselle kierrokselle. Vaalin toisella kierroksella Kallis asettui Niinistön taakse ja sanoi äänestävänsä häntä.
