Gummeruksen vanhemmat olivat rovasti Alexander Jakob Gummerus ja Emilia (Emma) Nordling ja puoliso vuodesta 1881 Aina Helena Winter. Lehtori ja kirjankustantaja Karl Jacob Gummerus oli hänen veljensä, samoin kuin senaattori ja tuomari Valentin Gummerus ja rovasti, valtiopäivämies Aleksanteri Gummerus. Julius Immanuel Gummerus tuli ylioppilaaksi 1875 ja vihittiin papiksi 1878, teologian kandidaatin tutkinnon Gummerus suoritti 1886 ja filosofian maisteri hänestä tuli 1878. Vuonna 1893 Gummerus väitteli teologian tohtoriksi tutkimuksella Jesajan ennustukset luvuissa XXIV–XXVII. Gummerus toimi pappina useissa eri seurakunnissa, samoin kuin Porvoon tuomiokapitulin asessorina 1895–1902 ja sitten Parikkalan kirkkoherrana. Suomen Lähetysseuran johtokunnan puheenjohtaja hänestä tuli 1907, raamatunkäännöskomiteassa hän työskenteli vuodesta 1893. Gummerus oli kirkolliskokouksen edustaja 1898, 1903, 1908, 1913 ja piispainkokouksen jäsen 1913, 1914 ja 1915. Gummerus oli myös pappissäädyssä valtiopäivillä 1894, 1897, 1899, 1900, 1904 ja 1905. Rovastin arvon hän sai 1896.[1][2][3]
