Henrik Wegeliuksen vanhemmat olivat Jakob Esaias Wegelius ja Maria Charlotta Wegelius. Hänen ensimmäinen puolisonsa vuodesta 1882 oli Johanna Elisabet Häggman (k. 1894) ja toinen vuodesta 1896 Matilda Elisabet Schalin. Wegelius tuli ylioppilaaksi 1870, valmistui filosofian kandidaatiksi 1875, suoritti teologisen erotutkinnon 1877 ja vihittiin papiksi 1878. Hän oli kappalainen Raumalla 1881–1888 ja Pietarsaaressa 1888–1895 ja kirkkoherra Maskussa 1895–1906 ja Merikarvialla vuodesta 1906. Mynämäen rovastikunnan lääninrovasti Wegelius oli 1901–1906 ja Porin alarovastikunnan v.t. lääninrovasti 1919. Rovastin arvon hän sai 1901. Wegelius toimi myös opettajana Raumalla ja Pietarsaaressa ja oli Pietarsaaren kansakoulutarkastaja 1891–1895. Hän oli Rauman Lehden perustaja ja ensimmäisenä päätoimittaja 1882–1884 ja julkaisi Wegelius-suvun luettelon 1887. Kirkolliskokouksen jäsen Wegelius oli 1893, 1898, 1908 ja 1913 ja tuomiokapitulin apujäsen 1900, 1903, 1904 ja 1906. Hän toimi pappissäädyn edustajana valtiopäivillä 1891, 1894, 1897, 1899, 1900, 1904 ja 1905.[2][1]
Suurlähettiläs, teosofinen kirjailija ja suomentaja Hugo Valvanne oli Wegeliuksen poika ensimmäisestä avioliitosta.[4] Myöskin toinen poika, Väinö Valvanne, tuli tunnetuksi teosofina.
