Joukkueet jaetaan kahdeksaan neljän joukkueen lohkoon, joissa lohkojen joukkueet pelaavat toisiaan vastaan koti- ja vierasottelun. Jokaisen lohkon kaksi parasta pääsevät pudotuspelien neljännesvälieriin. Lohkon kolmanneksi sijoittuvat pääsevät UEFA Europa Leaguen kauden 2004–2005 ensimmäiselle pudotuspelikierrokselle ja neljänneksi sijoittuvat putoavat pois.
Jos lohkoissa päädytään tasapisteisiin, lohkosijoitukset ratkaistaan seuraavasti:
Kahdeksasta lohkoista kaksi parasta eli yhteensä 16 joukkuetta selviytyi pudotuspeleihin. Kaikki ottelut, paitsi finaali, pelataan kaksiosaisena. Joukkueet pelaavat toisiaan vastaan kotona ja vieraissa. Ensimmäiselle kierrokselle samaan ottelupariin ei voi päästä arvonnasta kahta joukkuetta samasta maasta tai lohkosta.