CRISPR

Kohteesta Wikipedia
Siirry navigaatioon Siirry hakuun
E. colin Cas-proteiini (sinisellä) kiinni yksijuosteisessa DNA:ssa (oranssilla).

CRISPR eli Clustered Regularly-Interspaced Short Palindromic Repeats ovat DNA-jaksoja, jotka muodostavat useiden bakteerien ja arkkien alkeellisen immuunipuolustuksen arkki- ja bakteeriviruksia vastaan. Näihin jaksoihin ja Cas-proteiineihin (CRISPR associated protein) pohjautuvia geenimuuntelutekniikoita on kehitetty, esimerkiksi CRISPR/Cas9-menetelmä.[1]

CRISPR-systeemejä on useita, mutta kukin koostuu mm. nukleaaseina (DNA:ta pilkkovina proteiineina) toimivia Cas-proteiineja koodaavasta cas-sekvenssistä ja "muistina" toimivasta CRISPR-sekvenssistä, jota käytetään bakteerivirusten eli bakteriofagien vieraan perimän tunnistukseen ja tallettamiseen. Cas1 ja Cas2 ovat kaikissa luonnosta löydetyissä systeemeissä läsnä.[2]

CRISPR-termi on englanninkielinen lyhenne. Infektion tunnistavat sekvenssit ovat bakteerin (tai arkin) DNA:ssa ryppäytyneesti tasaisin välimatkoin toisistaan (CRI). Bakteerit ottavat tunnistussekvensseihin vain osan viruksen perimästä. Tunnistussekvenssit erottavat toisistaan lyhyet palindromiset toistosekvenssit (SPR)[2], jotka eivät ole peräisin viruksen genomista.

Toiminta luonnossa[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Aiemmin kohdatun viruksen tunnistus[3][muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Yleisluontoinen kuva prokaryoottien CRISPR-systeemistä.[3]

1. Kun bakteeriin (tai arkkiin) tuodaan viruksen DNA:ta, jolle bakteeri on jo immuuni, tuottaa bakteeri Cas-proteiinin ja CRISPR-sekvenssin alueelta aiemmin talletetun crRNA:n (CRISPR RNA). crRNA sisältää sekvenssin, joka on komplementaarinen eli emäksiltään yhteen sopiva lyhyeen sekvenssiin viruksen DNA:ssa.

2. Cas ja crRNA muodostavat kompleksin.

3. Kompleksi sitoo viruksen DNA:n crRNA:n komplementaarisen sekvenssin avulla.

4. Cas pilkkoo viruksen DNA:n toimimattomaksi ja estää siten viruksen monistumisen ja bakteerin infektoitumisen.

Uuden viruksen tunnistus[3][muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

1. Kun bakteeriin (tai arkkiin) tuodaan viruksen DNA:ta, jolle bakteeri ei ole immuuni, bakteeri tuottaa Cas1-nukleaasin.

2. Cas1 sitoo jonkin sekvenssin viruksen DNA:sta ja pilkkoo sen sopivan pituiseksi pätkäksi.

3. Pätkä liitetään CRISPR-alueeseen bakteerin DNA:han pysyvästi. Tällöin bakteeri "muistaa" infektion ja voi puolustautua sitä vastaan.

Käyttö geenimuuntelussa[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Esimerkiksi CRISPR/Cas9-systeemi on geenimuuntelutekniikka, johon sisältyy yksinkertaisimmillaan vain Cas9-proteiini, Cas9:n ohjaukseen käytetty RNA-pätkä ja muuntelun kohteena oleva DNA. Tekniikka toimii elävissä soluissa. Muunteluun osallistuvat komponentit voidaan pistää soluun sisälle mikroskooppisen ohuella injektioneulalla.[4]

Tekniikassa luonnossa normaalisti erillään olevista tracrRNA:sta (trans-activating crRNA) ja crRNA:sta on tuotettu kimeeri, yhtenäinen RNA-ohjausjakso. Kimeeriä kutsutaan sgRNA:ksi (single guide RNA) ja se muodostetaan, jotta muuntelussa on vähemmän osallistuvia RNA:ita (kahden sijaan yksi). sgRNA voidaan tuottaa synteettisesti.[4]

Luonnossa tracrRNA:n tehtävänä on pitää crRNA:ta paikallaan Cas9:ssä crRNA:n kanssa komplementaarisen sekvenssinsä kanssa. crRNA:ssa puolestaan on normaalisti viruksen tunnistukseen käytetty sekvenssi, mutta sekvenssi on korvattu sgRNA:ssa muuntelun kohteena olevan DNA:n tietyn alueen kanssa komplementaariseksi.[4]

Cas9-nukleaasi ohjautuu sgRNA:ssa olevan RNA-sekvenssin avulla tiettyyn kohtaan DNA:ssa, tämän kanssa komplementaariseen sekvenssiin. Oikeassa kohdassa ollessaan Cas9 leikkaa DNA:n tietystä kohtaa. Tätä voidaan käyttää ns. knock-out muunteluun, jossa tarkastellaan geenien poiston eli inaktivaation vaikutusta soluun tai suurempaankin eliöön. Solu pyrkii korjaamaan katkoksen ja liittämään DNA-pätkät yhteen. Vaihtoehtoisesti katkokseen voidaan useimmiten liittää eli insertoida halutunlainen geeni.[4]

CRISPR/Cas9-menetelmässä täytyy periaatteessa vain ensin selvittää geenimuuntelun kohteena olevan DNA:n sekvenssi sekvensoimalla.

Moniin muihin geenimuuntelutekniikoihin verrattuna CRISPR/cas9 on äärimmäisen tarkka, laajalti sovellettavissa, halpa ja yksinkertainen käyttää. Tekniikka on viime vuosina mullistanut geenimuuntelua ja geenitutkimusta suuresti.[5][6]milloin?

Lähteet[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

  1. "A guild of 45 CRISPR-associated (Cas) protein families and multiple CRISPR/Cas subtypes exist in prokaryotic genomes" (November 2005). PLoS Computational Biology 1 (6): e60. doi:10.1371/journal.pcbi.0010060. PMID 16292354. Bibcode2005PLSCB...1...60H. 
  2. a b "Cas1-Cas2 complex formation mediates spacer acquisition during CRISPR-Cas adaptive immunity" (2014). Nature Structural & Molecular Biology 21 (6): 528–534. doi:10.1038/nsmb.2820. PMID 24793649. 
  3. a b c "CRISPR/Cas, the immune system of bacteria and archaea" (2010). Science (New York, N.Y.) 327 (5962): 167–170. doi:10.1126/science.1179555. PMID 20056882. 
  4. a b c d "Versatility of chemically synthesized guide RNAs for CRISPR-Cas9 genome editing" (2016). Journal of Biotechnology 233: 74–83. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.06.011. PMID 27374403. 
  5. Biologists create more precise molecular scissors for genome editing Viitattu 4.12.2016.
  6. New technique accelerates genome editing process 21.8.2014. Vanderbilt University. Viitattu 4.12.2016.

Aiheesta muualla[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]