Kotimaassaan Tanskassa Fischer Boel toimi ennen komissaarinimitystään joulukuusta 1990 lähtien Tanskan parlamentin eli Folketingetin jäsenenä ja marraskuusta 2001 elokuuhun 2004 Anders Fogh Rasmussenin johtaman hallituksen elintarvike-, maatalous- ja kalastusministerinä. Kansanedustajaurallaan hän toimi kolmen eri valiokunnan puheenjohtajana: 1994–1998 elintarvike-, maatalous- ja kalastusasiain valiokunnan, 1998–1999 kauppa- ja teollisuusvaliokunnan ja 1999–2001 verovaliokunnan johdossa. Kunnallispolitiikan tasolla Fischer Boel toimi vuodesta 1982 vuoteen 1991 ja uudelleen vuosina ja 1994–1997 Munkebon kunnanvaltuuston jäsenenä.
