Vuosina 1994–1996 Moratti oli Italian julkisen televisioyhtiö RAI:n johdossa. Hän toimi Silvio Berlusconin toisen ja kolmannen hallituksen opetusministerinä vuosina 2001–2006.
Moratti edustaa Berlusconin johtamaa keskusta-oikeistolaista Vapauden kansa -puoluetta. Hänet valittiin Milanon pormestariksi Casa delle Libertàn ehdokkaana vuonna 2006. Moratti oli ehdolla pormestariksi mutta hävisi vaalit vasemmistoehdokas Giuliano Pisapialle.
Moratti on naimisissa Massimo Morattin veljen öljymagnaatti Gianmarco Morattin kanssa.
