Papoušek kirjoitti yhdessä Ivan PasserinMiloš Formanin elokuvat Musta Pekka (1963), Vaaleaverikön rakkaus (1965) ja Palaa! Palaa! (1967). Hän osallistui myös Ivan Passerin esikoisohjauksen Kasvoista kasvoihin (1965) käsikirjoittamiseen. Papoušekin ensimmäinen oma ohjaus Nejkrasnejsi vek (1968) kertoo tarinan, joka tapahtuu taidekoulussa.[2] Prahan kevään jälkeen Forman ja Passer pakenivat länteen, ja entisestä kolmikosta jäi Tšekkoslovakiaan ainoastaan Papoušek. Vuosina 1969–1972 hän ohjasi ja käsikirjoitti kotimaassaan erittäin suositun komediatrilogian, joka kertoo Homolkan perheestä.[3] Homolka-elokuvien kritiikki pikkuporvarillisia kohteitaan kohtaan oli miedompaa ja sovinnaisempaa kuin 1960-luvun uuden aallon elokuvien.[4] Vuonna 1984 Papoušek ohjasi suositun komedian Cesta kolem mé hlavy (engl.The Journey all around My Head).[5]
