Docking@Home
Docking@Home eli D@H oli Delawaren yliopistossa vuosina 2009–2014 toiminut hajautetun laskennan projekti, joka hyödynsi internetiin kytkettyjen tietokoneiden vapaata laskentakapasiteettia tieteelliseen laskentaan. Hanketta johti Delawaren yliopiston informaatioteknologian apulaisprofessori Michela Taufer ja sen tavoitteena oli luoda uusia ja parempia lääkkeitä.[1][2] Docking@home lopetti toimintansa 23.5.2014.[3]
Rahoitus ja raportointi[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
Voittoa tavoittelematon ja yhteishyödyllinen D@H-hanke muodostui akateemisista tutkijoista ja sitä rahoitettiin yhteiskunnan varoin. Rahoittajia olivat esimerkiksi Yhdysvaltain kansallinen tiedesäätiö ’’National Science Fund’’ ja ’’terveysvirasto’’. Hankkeen toimijoita olivat Delawaren yliopisto, Scripps Research Institute ja Kalifornian yliopiston Berkeleyn toimipiste.[2] Hanke julkaisi tuloksiaan ja menetelmiään sekä vertaisarvioiduissa tieteellisissä julkaisuissa että laajalle yleisölle tarkoitetulla verkkosivustolla. Tuloksia käytettiin parantamaan proteiini-ligandi-sidostusmenetelmiä ja mallinnuksen todentamiseen.[4] Suuri vapaaehtoisten määrä nopeutti merkittävästi paljon kallista laskenta-aikaa tarvitsevien hankkeiden toteutumista.[5]. Kesäkuussa 2009 tietokoneensa laskentavoimaa D@H-hankkeelle lahjoittaneita vapaaehtoisia oli 6 000. [1] Uutiskirje maaliskuulta 2011 raportoi vapaaehtoisten määräksi 30 000.[5]
Tutkimuksen kohde[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
Hankkeen avaintyökalu oli Berkeleyssa kehitetty useita samanaikaisia hajautettuja laskentoja varten kehitetty BOINC-alusta, joka mallintaa CHARMM-ohjelman avulla proteiini-ligandisidoksia. Projekti keskittyi simuloimaan olemassa olevan teknologian avulla pienikokoisten molekyylien (kuten muuntuvien lääkkeenomaisten molekyylien, eli ”ligandien”) ja rakenteeltaan jäykkien proteiinien sidostumista. Simulointi saattoi ohjata tutkijoiden huomion jonkin yksittäisen sairauden kannalta tärkeisiin proteiineihin tai saada heidät huomaamaan sellaisia uusia lääkkeenomaisia molekyylejä, joiden rakennetta voidaan ohjata hoidon kannalta suotuisampaan suuntaan. Proteiini-ligandisidoksen laskentamalli saattaa osoittautua tärkeäksi uusien lääkkeenomaisten molekyylien rakenteeseen perustuvassa suunnittelussa tai keinona ylipäätään suunnitella proteiini-ligandi-interaktiota.[4]
Hankkeesta kiinnostunut vapaaehtoinen pystyi lataamaan koneelleen hankkeen kotisivuilta ilmaisen avoimen koodin BOINC-alustan ja linkittyä Delawaren yliopiston Docking-palvelimeen tullakseen osaksi vapaaehtoisten verkostoa.[1]
Lähteet[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
- ↑ a b c Computer Idle? Now You Can Donate Its Time to Find a Cure for Major Diseases 16.6.2009. Newswise. Viitattu 6.4.2011. (englanniksi)
- ↑ a b Welcome to Docking@Home 2009. University of Delaware, Docking@Home Project. Viitattu 7.4.2011. (englanniksi)
- ↑ http://docking.cis.udel.edu/about/project/news.php#285 (Arkistoitu – Internet Archive)
- ↑ a b About the Docking@Home Project University of Delaware, Docking@Home Project. Viitattu 4.4.2011. (englanniksi)
- ↑ a b Automatic Selection of Near-Native Protein-Ligand Conformations using a Hierarchical Clustering and Volunteer Computing (s. 10) gcl.cis.udel.edu. Viitattu 7.4.2011. (englanniksi)
Aiheesta muualla[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
- Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) BOINC-infrastuktuurin kotisivu. (englanniksi)