Paavius keskiajalla tarkoittaa paaviuden historiaa karkeasti 600-luvulta eli Gregorius I:n ajalta noin 1400-luvulle suureen skismaan. Keskiajan paaviuden aikana tapahtui useita paaviuden historian kannalta erittäin tärkeitä tapahtumia, mm. paavin hengellisen ja maallisen vallan suuri kehittyminen kristillisessä Euroopassa ja Kirkkovaltion perustaminen.
Samoin keskiajan paaviuden ajalle sijoittuvat mm. läntisen ja itäisen kristikunnan lopullinen jakautuminen ortodoksiseen ja roomalaiskatoliseen kirkkoon. Samoin aikakaudelle sijoittuu paaviuden maallisen vallan huippukausi, jolloin paavia voitiin käytännössä pitää Euroopan mahtavimpana johtajana.
