Ligaasit

Wikipedia
Ohjattu sivulta Ligaasi
Loikkaa: valikkoon, hakuun
DNA-ligaasi korjaamassa vauriota kromosomissa

Ligaasi ((latinaksi) ligāre – "sitoa yhteen", "liimata yhteen") on entsyymi joka kykenee katalysoimaan kahden molekyylin yhteensitoutumisen luomalla uuden kemiallisen sidoksen, yleensä toisen kohdemolekyylin, tyypillisesti ATP:n kemiallisen alaryhmän hydrolyysin avulla.[1] Yleisesti ottaen ligaasi katalysoi seuraavan reaktion:

Ab + C → A–C + b

tai joskus

Ab + cD → A–D + b + c

jossa pienet aakkoset kuvaavat kemiallisia alaryhmiä.

Ligaasien luokittelu[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Kaikkien ligaasien EC-numero alkaa numerolla 6. EC-numerot määräytyvät eri ligaasien katalysoimien reaktioiden mukaan seuraavasti.[2]

  • EC6.1.x.x – Entsyymit katalysoivat hiili-happisidoksen muodostumista
  • EC6.2.x.x – Entsyymit katalysoivat hiili-rikkisidoksen muodostumista
  • EC6.3.x.x – Entsyymit katalysoivat hiili-typpisidoksen muodostumista
  • EC6.4.x.x – Entsyymit katalysoivat hiili-hiilisidoksen muodostumista
  • EC6.5.x.x – Entsyymit katalysoivat fosfaattiesterisidoksen muodostumista
  • EC6.6.x.x – Entsyymit katalysoivat metalli-typpisidoksen muodostumista

DNA-ligaasi[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

DNA-juosteita yhteen muodostamalla kovalenttisia sidoksia juosteiden päiden välille. Toisessa yhteenliitettävässä päässä on oltava 5'-fosfaattiryhmä ja toisessa 3'-OH-ryhmä. Ligaasit ovat tärkeitä geenitekniikan työvälineitä ja yleisimmin käytettävä T4-ligaasi on peräisin Escherichia coli-bakteerista.

DNA-ligaasin toiminta[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Kuvassa kaksi DNA-juostetta ennen ligaasin aiheuttamaa juosteiden yhteenliittymistä. Vapaat OH-ryhmät sijaitsevat punaisella merkityn juosteen ylemmän rihman oikeanpuolimmaisessa tymiinissä (T) ja sinisellä merkityn juosteen alemman rihman vasemmanpuolimmisessa sytosiinissa (C). Vastaavasti vapaat fosfaattiryhmät sijaitsevat punaisella merkityn juosteen alemman rihman oikeanpuolimmaisessa guaniinissa (G) ja sinisellä merkityn juosteen ylemman rihman vasemmanpuolimmaisessa guaniinissa.

DNA before ligase.PNG

Ligaasi yhdistää juosteet niin että ligaasin tekemän liitoksen muodostavat toisen juosteen fosfaattiryhmä ja toisen juosteen OH-ryhmä. Lopputuloksena on ehjä kaksijuosteinen DNA-molekyyli.

DNA after ligase.PNG

Lähteet[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

  1. Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko & Lubert Stryer: Biochemistry, 6th Edition, s. 237. W. H. Freeman and Company, 2006. ISBN 978-0-7167-8724-2. (englanniksi)
  2. G.P.Moss: Recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Viitattu 12.7.2011. (englanniksi)
Tämä biologiaan liittyvä artikkeli on tynkä. Voit auttaa Wikipediaa laajentamalla artikkelia.