Флаг Верхнетоемского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней зелёного цвета, шириной 3/4 ширины полотнища, и нижней синего цвета; в центре полотнища — опрокинутый равнобедренный треугольник белого цвета, основание которого прилежит к верхнему краю полотнища и составляет 1/2 длины полотнища, а вершина прилежит к середине нижнего края полотнища; в центре треугольнике — Святой Великомученик Георгий Победоносец в виде пешего воина, стоящего прямо, в одеяниях красного цвета с отделкой зелёного и жёлтого цвета, сапогах жёлтого цвета, с копьём чёрного цвета в правой руке, с круглым щитом жёлтого цвета, выходящим из-за спины к древку, колчаном красного цвета на правом боку и с левой рукой, возложенной на рукоять прикреплённого меча красного цвета.