Major League Baseball -kausi 1888 käsitti kaksi erillistä liigaa. Vuodesta 1876 toiminut National League ja 1882 aloittanut American Association. Kauden päätteeksi NL:n ja AA:n mestarit kohtasivat kymmenen ottelun sarjassa, jossa New York Giants voitti St. Louis Brownsin 6–4. Detroit Wolverines pelasi viimeisen kautensa MLB:ssa. Talousvaikeuksiin kaatuneen seuran tilalle siirtyi Cleveland Spiders, joka tähän asti oli tunnettu AA:ssa nimellä Blues. AA:n vapautuneen paikan sai vastaavasti Columbus Colts.