Eljas Lönnrotin vanhemmat olivat rovasti Frans Fredrik Lönnrot ja Sofia Amanda Snellman. Hänen ensimmäinen puolisonsa vuodesta 1888 oli Aina Kristina Sahlberg (k. 1907), toinen vuodesta 1908 Hanna Maria Forsell o.s. Nordlund (k. 1920) ja kolmas vuodesta 1925 Siiri Elisabet Hurme o.s. Snellman. Lönnrot tuli ylioppilaaksi 1879, valmistui filosofian kandidaatiksi 1884 ja vihittiin papiksi 1887. Hän toimi ylimääräisenä pappina Ristijärvellä, Paltamossa, Puolangalla, Leppävirralla ja Suonenjoella 1887–1897, oli kirkkoherra Kiimingissä 1896–1903, Alatorniolla 1903–1906 ja Sotkamossa 1914–1933. Oulun tuomiokirkkoseurakunnantuomiorovasti Lönnrot oli 1906–1914 ja Kuopion tuomiokapitulin asessori 1900–1901 ja 1902–1909. Pappissäädyn jäsen hän oli valtiopäivillä 1904 ja 1905, kirkolliskokouksen jäsen 1903–1918.[1][2][4]
Eljas Lönnrotin poika hänen ensimmäisestä avioliitostaan oli lyseon lehtori ja Kainuun murteen sanaston kerääjä Lauri Lounela, vuoteen 1918 Lönnrot (1889–1970).[5]