Protein Data Bank

Protein Data Bank eli PDB on ilmainen internet-tietokanta, johon on kerätty makromolekyylien kolmiulotteisia rakenteita. Tietokannassa on enimmäkseen proteiineja.

Yleistä

PDB-tietokantaa ylläpitää PDBe, PDBj, RCSB (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) plus BMRB- yhdessä wwPDB. Tietokantaan säilötyt rakenteet on selvitetty lähinnä röntgenkristallografialla ydinmagneettisella resonanssispektroskopialla (NMR) ja havainnollistettu värikkäin tietokoneella valmistetuin kuvin. PDB:n sisällön määrä on vähäinen moniin muihin tietokantoihin verrattuna, mikä johtuu siitä, että läheskään kaikkien kiinnostavien molekyylien kolmiulotteista rakennetta ei ole ehditty tai pystytty mallintamaan. Tietokantaa kasvattavat eri puolilla maailmaa rakennetutkimusta tekevät tutkijat, jotka lisäävät tietokantaan selvittämiään proteiinirakenteita.

Protein Data Bank -sivujen mukaan tietokantaan oli 1.4.2006 tallennettuna:

• 32 724 proteiinia, peptidiä tai virusta
• 1 585 nukleiinihappoa
• ja 33 muuta molekyyliä.

Tietokannan etusivulla esitellään kuukauden molekyyli, josta saa tarkempia tietoja etusivun linkin kautta.

Haku tietokannasta

Haun voi syöttää suoraan PDB:n etusivulle molekyylin nimellä. Jos esimerkiksi halutaan löytää ihmisen pepsiinientsyymin rakenne, kirjoitetaan haku englanniksi muotoon "pepsin". Haun tuloksena löytyy kuitenkin paljon erilaisia pepsiinejä eri eliöiltä ja mm. pepsiini-inhibiittoreiden rakenteita. Niinpä hakua voi tarkentaa kirjoittamalla "pepsin human" (=pepsiini ihminen).

Jokaisella tietokantaan säilötyllä makromolekyylillä on oma tunnuksensa eli PDB ID. Esimerkiksi pepsiinin tunnus on 1PSN. Kun hakuruutuun kirjoittaa 1PSN, aukeaa haun tuloksena ruudulle suoraan pepsiinin sivut. Pepsiinin PDB ID selviää haetun pepsiinin PDB-sivun ylälaidasta.

Haku on mahdollista tehdä myös tutkijan mukaan. Tällöin hakuruudun vierestä valitaan kohta "Author" ja kirjoitetaan hakuruutuun tutkijan nimi. Haun tuloksena saadaan rakenteita, joiden tekijänä on mainittu kyseinen tutkija.

Haun tulokset

Haun tuloksena saadulla proteiinin sivulla kerrotaan rakennetietoja. Oikealla puolella on esitetty kuva proteiinista. Kuvan alla on linkkejä, joista painamalla kuvaa voi tarkastella eri ohjelmilla. Näiden ohjelmien avulla proteiinia voi pyöritellä ja sen eri aminohappotähteitä voi tarkastella. Sivulla on myös perustietoja, kuten mallintajien nimet, julkaisu, proteiinin rakennemallin resoluutio ja sen R-arvo. Sivuilta ylälaidan linkeistä löytyy myös tietoja geenistä ja proteiinin sekvenssistä. Vasemmalla olevista linkeistä löytyy esimerkiksi proteiinin Ramachandran-kuvaaja.

Lähteet

• wwPDB
• PDB Euroopan
• PDB Japanissa
• RCSB PDB
• BMRB

Aiheesta muualla

• Kuvia tai muita tiedostoja aiheesta Protein Data Bank Wikimedia Commonsissa