Kokkolan seurakuntayhtymän kaikki kuusi seurakuntaa ovat toiminnallisesti itsenäisiä yksiköitä, joita kutakin johtaa kirkkoherra yhdessä joka neljäs vuosi seurakuntavaaleilla valittavan seurakuntaneuvoston kanssa. Yhtymän seurakunnilla on yhteinen kirkkovaltuusto, joka käyttää ylintä päätösvaltaa yhtymässä. Sen jäsenet valitaan myös seurakuntavaaleilla neljän vuoden välein. Yhteisen kirkkovaltuuston apuna toimii sen nimeämä yhteinen kirkkoneuvosto, joka valmistelee asioita kirkkovaltuustolle.[2]
Kokkolan seurakuntayhtymä kuuluu muun Keski-Pohjanmaan tavoin herätysliikkeiden maantieteelliseen kohtaamisalueeseen. Kokkolan alueella on voimakasta kannatusta erityisesti lestadiolaisuuden parissa. Kokkolassa vaikuttavat niin vanhoillislestadiolaisuus kuin rauhansanalaisuus. Kokkolassa on voimakasta kannatusta myös evankelisen herätysliikkeen sekä kansanlähetyksen parissa. Lohtajan ja Kälviän alueella on voimakasta kannatusta evankelisen herätysliikkeen parissa. Kälviällä vaikuttaa jossain määrin myös herännäisyys.[3]
