Juho Malkamäki syntyi 23. toukokuuta 1844 Ylistarossa Malkamäen talossa. Hänen vanhempansa olivat talollinen Kustaa Malkamäki ja tämän puoliso Margareeta Nyrhilä.[1][2]
Malkamäki itse kertoi saaneensa lapsesta asti kristillisen kasvatuksen. 13-vuotiaana hän sai isoisältään lahjaksi Raamatun luettuaan sen läpi kannesta kanteen. Niilo Kustaa Malmbergin, joka kuoli Malkamäen ollessa 14-vuotias, puheet vaikuttivat pysyvästi häneen. Malmbergin kuoltua Malkamäen hengelliseksi isäksi tuli Arvi Juhana Logren, joka oli saanut puhujakasvatuksensa Malmbergin kuskipukilla. Malkamäki peri Logrenin kuoltua tämän paikan heränneitten maallikkojohtajana. Myöhemmin Malkamäki solmi elinikäisen ystävyyden heränneitten merkittävän pappisjohtajan ja Malmbergin pojan Wilhelmi Malmivaaran kanssa.[3]
Malkamäki oli elämänsä aikana kolme kertaa naimisissa. Ensimmäinen vaimo oli Maria Liisa Hirvilammi vuosina 1864–1881, toinen vaimo Liisa Aunes vuosina 1882–1899 ja kolmas vaimo Anna Peräsalo vuodesta 1900 aina Malkamäen kuolemaan saakka.[1] Kolme Malkamäen poikaa hukkui nuorena Kyrönjokeen[5]. Malkamäen tytär Kreeta avioitui Juho Sinnemäen kanssa, joka oli herännäisjohtaja ja herrastuomari. Yksi heidän lapsistaan oli Jussi Sinnemäki.[6]. Malkamäki kuoli kotonaan Ylistarossa 13. tammikuuta 1928 lähes 84-vuotiaana.[7]
