Calamniuksen vanhemmat olivat lääninrovasti Kaarle Gabriel Calamnius ja Sofia Vilhelmina Sinius. Hän pääsi ylioppilaaksi Kuopion Lyseosta vuonna 1857 ja opiskeli Helsingin yliopistossa valmistuen filosofian kandidaatiksi 1862, maisteriksi 1864 ja lisensiaatiksi 1866. Calamnius väitteli filosofian tohtoriksi 1869 ja hänet vihittiin papiksi 1876.
Calamnius toimi Kuopion tuomiokapitulinnotaarina 1875–1879, vankilansaarnaajana Kuopiossa 1879–1885 ja tuomiorovastina vuodesta 1885. Hän osallistui myös säätyvaltiopäiville 1877–1878, 1882 ja 1885 Kuopion hiippakunnan papiston edustajana.
Kirjallisen tuotantonsa Calamnius aloitti 1864 julkaisemalla ruotsin kielellä peräpohjalaisiin kansantarinoihin perustuvan kertomuksen isonvihan ajoilta nimeltä Taivalkoski. Peräpohjolan kansanperinteeseen liittyivät myös muinaistieteellinen kirjoitus Muinaistiedustuksia Pohjan periltä (1868) ja novellit Metelinkirkon haltia (1870) sekä Pyhäkosken ensimmäinen laskija (1873). Calamnius julkaisi myös Ovidiuksen Metamorfooseista Suomen luontoon mukautetun satukokoelman Kynäkuvia muinais-ajan sadustosta, kirjeitä Suleimalle Kirjallisessa Kuukausilehdessä 1866–1868 ja 1870–1871. Sadut julkaistiin sittemmin myös kirjana (Kreikkalaisia satuja. Kirjeissä Suleimalle, 1875).
Taivalkoski. Finskt original. Romantiserad skildring från början af 1700-talet Af J.W.C, kertomus. Helsingfors 1864 (käännetty suomeksi nimellä Taivalkoski. Tarina Isonvihan ajoilta. Kertonut J.W.C., suomentanut Minken/Kivekäs. F. F. Kivekäs, Oulu 1887, 2. painos Karisto 1908, 3. painos Karisto 1918
Finnarne i Bjarmaland (Suomalaiset Permassa). 1864
Försök tili framställning af Aristoteles' lära om det sköna, tohtorinväitöskirja Aristoteleen kauneuden-opista. 1865
Muinais-tiedustuksia Pohjanperiltä. Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, Helsinki 1868
Metelinkirkon haltia. Jutelmia kansantarujen johdosta, kertoellut J.W.C. Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, Helsinki 1870
Pyhäkosken ensimäinen laskija : kansantaru Pohjanmaalta, teoksessa Joukahainen. Pohjalais-Osakunnan toimittama. Osa 7. Pohjalais-Osakunta, Helsinki 1873 (Digitoituna Digi.fi:ssä)
Kreikkalaisia satuja. Kirjeissä Suleimalle kertoi J.W.C. K. E. Holm, Helsinki 1875
Yksityis-ihmisen olosuhteista yhteiselämään ja isänmaahan. Kansantajuisia luennoita Kuopiossa 4. Harald, Kuopio 1878
Saarna Martti Lutheruksen 400 syntymäpäivän juhlana. Telén, Kuopio 1883
Mietelmiä kristillisen siveys-opin alalta : Synodalikirjoitus, Kuopion hippakunnan pappiskokouksen v. 1885 keskusteltavaksi. Telén, Kuopio 1885
J. Dierckx: Kahden kielen levittäminen tahi hankaluuksien arvostelu, jotka maassamme [Belgiassa] syntyvät kielten eroituksesta. Frenckell, Helsinki 1863
Romalaista kirjallisuutta, sisältäen näytteitä Virgiliuksen ja Horatiuksen runoista, Ciceron puheista, Sallustiuksen ja Tacituksen teoksista. Ilmestyi 5 vihkona 1865-1866
Aristoteles: Runousoppi; kreikan kielestä kääntänyt ja selittäväisillä muistutuksilla sekä tiedesanain luetteloilla varustanut J. W. Calamnius. Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, Helsinki 1871
Faidoni: Platonin keskustelma Sokrateen viimeisistä hetkistä ja sielun kuolemattomuudesta; kreikan kielestä käänsi ja selityksillä sekä johtavalla alkulauseella varusti J. W. Calamnius. Weilin & Göös, Jyväskylä 1882
