Kirkon piirissä on vuonna 2013 tullut julkisuuteen lasten seksuaalinen hyväksikäyttöepäily, joka tuli esiin jo vuonna 2010, mutta ei silloin johtanut tutkintaan. Epäilty pastori on kuollut 2012 eikä häntä siten voida kuulla asiassa[2]. Seksuaalisen hyväksikäytön uhreja on ainakin seitsemän poikaa[3].
Suomen ruotsinkielisen metodistikirkon alaisuuteen kuuluu myös kaksi Ruotsissa toimivaa metodistiseurakuntaa, jotka sijaitsevat Laxåssa ja Östersundissa. Nämä seurakunnat halusivat pysyä metodistiseurakuntina Ruotsin metodistikirkon liityttyä Equmeniakyrkaniin.[4]
