Alopaeuksen vanhemmat olivat tuomari David Alopaeus ja Henrietta Margareta Avelin ja puoliso vuodesta 1855 Ida Amanda Nykopp (k. 1903).[1]
Alopaeus-suvussa on ollut runsaasti pappeja ja tieteilijöitä. Carl Henrik Alopaeus pääsi ylioppilaaksi 1844 ja toimi vuodesta 1849 opettajana Porvoossa. Papiksi hänet vihittiin 1855. Alopaeus muistetaan innokkaasta toiminnastaan kuurojen hyväksi. Hän perusti Porvooseen yhdistyksen ajamaan kuulovammaisten asiaa, 1859–1860 hän matkusti Skandinaviassa ja Keski-Euroopassa perehtymässä kuulovammaisten opetukseen. Vuonna 1860 Alopaeus tuli Turkuun perustetun kuurojen opiston johtajaksi. Porvoon tuomirovastiksi Alopaeus nimitettiin 1881 ja Porvoon piispaksi 1885. Hän oli pappissäädyssä valtiopäivämies 1885, 1888 ja 1891.[1][2]
Alopaeus julkaisi kirjat Lukukirja sokioille (1864), Lyhykäinen ohje kuuromykkiä kotona kasvattamaan ja opettamaan (ruotsiksi 1866, suomennettiin 1871) sekä Neuvoja sokeitten lasten kotoiseen hoitoon (1880). Alopaeus julkaisi myös uskonnollista kirjallisuutta, kuten teoksen Den heliga läran (1873) ja keskeneräiseksi jääneen kirjan Guds rikes historia I-II (1887–1890).[2]