Rosetta@home

Wikipedia
Loikkaa: valikkoon, hakuun

Rosetta@home on SETI@homea muistuttava hajautetun laskennan projekti BOINC-alustalla. Projektin saattoi alulle Washingtonin yliopistossa David Bakerin laboratorio. Projektissa tutkitaan proteiinien muodostamia kolmiulotteisia rakenteita,[1] proteiinien kiinnittymistä ja uusien proteiinien muodostumista. Projektin avulla pyritään löytämään hoitokeinoja muun muassa Alzheimerin tautiin.[2]

Kuten muutkin Boincia hyödyntävät ohjelmat myös Rosetta@home käyttää apunaan tietokoneen ylimääräistä laskenta-aikaa suorittaakseen laskentaa yksittäisillä työpaketeilla. Valmiit työpaketit lähetetään projektin palvelimelle, jossa niiden tulokset varmistetaan ja niitä verrataan toisten käyttäjien samasta työpaketista saamiin tuloksiin.

Rosetta@home kokeilee ajoittain myös uusia proteiinin löytämistapoja. Kaksi uutta etsimistapaa ovat CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) ja CAPRI (Critical Assessment of Prediction of Interactions). CASP-menetelmää käytetään tällä hetkellä Human proteome folding -projektissa.

Laskentaan osallistuvalta tietokoneelta Rosetta vaatii toimiakseen 500 MHz suorittimen, 200 megatavua kiintolevytilaa, 256 megatavua keskusmuistia ja internet-yhteyden. Projekti toimii Microsoft Windows-, Linux- ja Macintosh-alustoilla. Projektin on ilmoitettu saaneen elokuuhun 2008 mennessä yli 66 teraflopsin edestä laskentatehoa.

Rosetta@home projektista on myös ikuisesti beetavaiheessa oleva projekti, robetta@home.

Rosetta@home projekti oli alkuvaiheessaan koodattu Fortran-ohjelmointikielellä, mutta uusittu versio käyttää C++-kieltä.

Rosetta@home käyttää kommunikointiin palvelimen kanssa palomuurin porttia 80, mikäli käytetään HTTP yhteyttä. Mikäli käytetään HTTPS yhteyttä, käytössä on portti 443. HTTPS yhteys on salasanasuojattu.

Jotta vältyttäisiin tahallisesti manipuloiduilta tuloksilta, lähetetään työpaketit kahdelle satunnaisesti valitulle käyttäjälle.

Ensisijainen käyttöliittymä projektissa on näytönsäästäjä joka näyttää simuloitua proteiinin laskentaa meneillään olevassa työpaketissa. Näytönsäästäjän oikeassa reunassa on kuva tuloksesta johon meneillään olevassa proteiinissa pyritään pääsemään. Proteiinin lähtöasetelma näytetään tämän alapuolella. Näiden kahden kuvan vasemmalla puolella on suurempi kuva joka näyttää toistaiseksi parhaiten pyrittyä tulosta näyttävän tuloksen ja kuvaruudun vasemmassa reunassa on meneillään oleva tutkinta.

Rosetta@home on alhaisen prioriteetin ohjelma. Käytännössä tämä tarkoittaa sitä, että mikäli suoritinta ei käytetä mihinkään muuhun, projekti ottaa kaiken suorituskyvyn käyttöönsä. Mikäli suoritinaikaa taas tarvitaan johonkin muuhun, Rosetta@home ottaa käyttöönsä vain toiselta/toislta ohjelmilta ylijäävän suoritinajan.

Proteiinien kolmiulotteiset muodot tutkitaan suurimmaksi osaksi Röntgenkristallografialla tai NMR spetroskoopilla. Prosessi on hidas ja kallis (Se voi viedä viikkoja tai kuukausia aikaa) ja tulee todella kalliiksi (jopa 100.000 usd). Rosetta@homessa on myös erilaisia menetelmia Kalvoproteiinien etsimiseen, joiden etsiminen on todella hankalaa.

Lähteet[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Muita samankaltaisia projekteja[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]