Fattenborgin vanhemmat olivat maanmittari Hans Fattenborg ja Anna Maria von Glan ja puoliso Vendla Johanna Nylander. Opiskeltuaan Porvoon lukiossa 1781–1784 hän tuli ylioppilaaksi Turkuun 1787 ja valmistui filosofian maisteriksi 1795. Papiksi Fattenborg vihittiin joulukuussa 1808, teologian tohtori hänestä tuli 1831. Fattenborg oli 1812–1831 Turun akatemian, myöhemmin Helsingin yliopiston, itämaisten kielten professori ja yliopiston rehtori 1821–1822. Turun akatemian itämaisten dosenttina hän oli toiminut jo vuodesta 1796, historian ja siveysopin apulaisena vuodesta 1804 ja teologian apulaisena vuodesta 1808. Hän oli myös palkkapitäjänsä Piikkiön kirkkoherra 1808–1812. Turun tuomiokapitulin jäsen Fattenborg oli 1808–1812 ja apujäsen 1814–1815. Fattenborg julkaisi paljon käytetyn sanakirjan Grekiskt handlexicon öfver Nya Testamentet (1842).[1][2][3]
