Fredrik Lönnbeckin vanhemmat olivat värjäri Henrik Lönnbeck ja Aqvilina Eleonora Lindgrén ja puoliso vuodesta 1885 Ida Castalia Lindström. Lönnbeck kävi alkeiskoulun ja opiskeli Haminan kadettikoulussa, mutta lähti merille vuonna 1868. Vapaakirkollisen uskonnollisen herätyksen hän sai Liverpoolissa 1879 ja työskenteli vuoteen 1883 Englannissa. Suomeen asetuttuaan Lönnbeck ryhtyi toimimaan vapaakirkollisen asian puolesta, muun muassa järjestäen 1883 ensimmäisen yleisen vapaakirkollisen kokouksen ja perustaen ja julkaisten lehtiä Lekmannen (1884–1885) ja Tro och lif (1885–1887). Hän laati Suomen vapaakirkollisten ohjelman, De frikyrkliga program, joka hyväksyttiin marraskuussa 1889 Tampereella. Seuraavasta vuodesta Lönnbeck alkoi julkaista vapaakirkollista viikkolehteä Evangelisk kristendomen, mutta päädyttyään erimielisyyksiin liikkeen muiden johtohenkilöiden kanssa lopetti lehden 1898. Vuodesta 1900 alkaen hän työskenteli Ruotsissa ja julkaisi siellä uskonnollista kuukausilehteä Facklan.[1][2]
