Docking@Home

Wikipedia
Loikkaa: valikkoon, hakuun
Docking@Home näytönsäästäjä.

Docking@Home eli D@H on Delawaren yliopistossa vuonna 2009 käynnistynyt hajautetun laskennan projekti, joka hyödyntää internetiin kytkettyjen tietokoneiden vapaata laskentakapasiteettia tieteelliseen laskentaan. Hanketta johtaa Delawaren yliopiston informaatioteknologian apulaisprofessori Michela Taufer ja sen tavoitteena on luoda uusia ja parempia lääkkeitä. [1] [2] Docking@home lopettaa toimintansa 23.5.2014.[3]

Rahoitus ja raportointi[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Voittoa tavoittelematon ja yhteishyödyllinen D@H-hanke muodostuu akateemisista tutkijoista ja sitä rahoitetaan yhteiskunnan varoin. Rahoittajia ovat esimerkiksi Yhdysvaltain kansallinen tiedesäätiö ’’National Science Fund’’ ja ’’terveysvirasto’’. Hankkeen toimijoita ovat Delawaren yliopisto, Scripps Research Institute ja Kalifornian yliopiston Berkeleyn toimipiste.[2] Hanke julkaisee tuloksiaan ja menetelmiään sekä vertaisarvioiduissa tieteellisissä julkaisuissa että laajalle yleisölle tarkoitetulla verkkosivustolla. Tuloksia käytetään parantamaan proteiini-ligandi sidostusmenetelmiä ja mallinnuksen todentamiseen.[4] Suuri vapaaehtoisten määrä nopeuttaa merkittävästi paljon kallista lasketa-aikaa tarvitsevien hankkeiden toteutumista.[5]. Kesäkuussa 2009 tietokoneensa laskentavoimaa D@H-hankkeelle lahjoittaneita vapaaehtoisia oli 6 000. [1] Uutiskirje maaliskuulta 2011 raportoi vapaaehtoisten määräksi 30 000.[5]

Tutkimuksen kohde[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Hankkeen avaintyökalu on Berkeleyssa kehitetty useita samanaikaisia hajautettuja laskentoja varten kehitetty BOINC-alusta, joka mallintaa CHARMM -ohjelman avulla proteiini-ligandisidoksia. Projekti keskittyy simuloimaan olemassa olevan teknologian avulla pienikokoisten molekyylien (kuten muuntuvien lääkkeenomaisten molekyylien, eli ”ligandien”) ja rakenteeltaan jäykkien proteiinien sidostumista. Simulointi saattaa ohjata tutkijoiden huomion jonkin yksittäisen sairauden kannalta tärkeisiin proteiineihin tai saada heidät huomaamaan sellaisia uusia lääkkeenomaisia molekyylejä, joiden rakennetta voidaan ohjata hoidon kannalta suotuisampaan suuntaan. Proteiini-ligandisidoksen laskentamalli saattaa osoittautua tärkeäksi uusien lääkkeenomaisten molekyylien rakenteeseen perustuvassa suunnittelussa tai keinona ylipäätään suunnitella proteiini-ligandi-interaktiota.[4]

Hankkeesta kiinostunut vapaaehtoinen voi ladata koneelleen hankkeen kotisivuilta ilmaisen avoimen koodin BOINC -alustan ja linkittyä Delawaren yliopiston Docking -palvelimeen tullakseen osaksi vapaaehtoisten verkostoa.[1]


Lähteet[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

  1. a b c Computer Idle? Now You Can Donate Its Time to Find a Cure for Major Diseases 16. kesäkuuta 2009. Newswise. Viitattu 6. huhtikuuta 2011. (englanniksi)
  2. a b Welcome to Docking@Home 2009. University of Delaware, Docking@Home Project. Viitattu 7. huhtikuuta 2011. (englanniksi)
  3. http://docking.cis.udel.edu/about/project/news.php#285
  4. a b About the Docking@Home Project University of Delaware, Docking@Home Project. Viitattu 4. huhtikuuta, 2011. (englanniksi)
  5. a b Automatic Selection of Near-Native Protein-Ligand Conformations using a Hierarchical Clustering and Volunteer Computing Viitattu 7. huhtikuuta, 2011. (englanniksi) s. 10.

Aiheesta muualla[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]


Tämä lääketieteeseen liittyvä artikkeli on tynkä. Voit auttaa Wikipediaa laajentamalla artikkelia.